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制药工程专业依各个学校的师资，学科建设，培养目标，学科优势等，在教学安排上会有些差异。不过主干课程不仅限于有机化学。
无机化学，有机化学，分析化学，物理化学，这四门课程被称为“四大化学”，是药学类专业必修的化学类主干课程。
还有药理学，药物分析，药物化学，药剂学，生物化学，微生物与免疫学，医药数理统计学，人体生理解剖学，有机光谱解析学，化学制药工艺学，药物合成反应，化工原理等等也是必修的课程。
有的学校，比如沈阳药科大学（即业内所谓的“北药”）的制药工程专业在大四的时候，会分为两个主攻方向：化学制药，药物化学。前者主要是针对药品生产企业需要，后者针对医药科研方面的需要。但是两者的差别不会很大，有很多都是相通的。
自从国家食品药品监督管理局颁布了新的药品注册管理办法后，制药工程专业的前景更为客观。所以现在很多学校都开设的该专业，他们都是依托本校的强势学科的基础上发展起来的。比如医学类院校和化工类院校，他们有各自的优势，但各自的不足也很明显。这是由于该专业的学科交叉性的特点带来的。
如果有意报考药学类的学校，一下学校值得参考。
首先是业内所说的“两院三系”，即中国药科大学（原南京药学院，南药），沈阳药科大学（原沈阳药学院，北药），北京大学药学院（原北京医科大学药学系），复旦大学药学院（原上海医科大学药学系），四川大学华西药学院（原华西医科大学药学系）
还有一些综合性大学的药学院系，如浙江大学药学院，山东大学药学院，第二军医大学药学院，中南大学药学系等。
另外，广东药学院也可以，不过其成立时间较之南药北药晚了很多，所以业内并不把它列入“两院三系”中。但它是国内第三家独立的药学院校。（第一家是北药，1931年），第二家是南药，1936年）
生物学的分支学科。它是研究生命物质的化学组成、结构及生命活动过程中各种化学变化的基础生命科学。
生物化学若以不同的生物为对象，可分为动物生化、植物生化、微生物生化、昆虫生化等。若以生物体的不同组织或过程为研究对象，则可分为肌肉生化、神经生化、免疫生化、生物力能学等。因研究的物质不同，又可分为蛋白质化学、核酸化学、酶学等分支。研究各种天然物质的化学称为生物有机化学。研究各种无机物的生物功能的学科则称为生物无机化学或无机生物化学。
有机化学是研究有机化合物的来源、制备、结构、性质、应用以及有关理论的科学，又称碳化合物的化学.
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