畜禽免疫失败常见原因如下：
1、母源抗体的影响：若母源抗体水平很高，若接种过早， 当疫苗病毒注入畜禽体内时，会被母源抗体所中和，从而影响了疫苗免疫力的产生。2、疫苗的质量：①疫苗保存不当导致疫苗失效。②疫苗过期失效。3、疫苗选择不当：导致免疫失败。4、疫苗使用不当：①稀释剂选择不当。②活疫苗免疫的同时使用抗菌药物，影响免疫力的产生。③盲目联合应用疫苗。④免疫剂量不准。量不足，不能激发机体产生免疫反应；量太多，产生免疫麻痹而使免疫力受到抑制。⑤免疫途径不当。⑥疫苗稀释后用完的时间过长，使疫苗中致弱的微生物死亡。5、早期感染：接种时畜禽群内已潜伏有强毒病原微生物，或由于接种人员及接种用具消毒不严带入强毒病原微生物。6、应激及免疫抑制因素的影响：能抑制机体的体液免疫和细胞免疫，从而导致疫苗免疫保护力的下降。降低了对疫苗的免疫应答，而导致免疫失败。7、血清型不同：有的病原微生物有多个血清型，如果疫苗的血清型与感染的病毒或细菌血清型不同，则免疫后起不到保护作用。8、超强毒株感染：现已证明马立克氏病病毒存在超强毒株，火鸡疱疹病毒苗对其免疫效果很差。
疫苗选择不当
疾病诊断不准确，接种的疫苗与发生的疾病或血清型不对应。应根据当地传染病流行的严惩程度和鸡的种类选择不同的疫苗。
疫苗质量差
疫苗本身质量差，如病毒或细菌的含量不足、冻干或密封不佳、油乳剂疫苗没水分层、氢氧化铝佐剂颗粒过精等，或疫苗在运输过程中保管不当，都会影响免疫效果，效价不高或已失效。
疫苗之间相互干扰
不同的疫苗接种时间相差过短，或同时使用，会出现不同程度的干扰。如传染性支气管炎疫苗病毒对鸡新城疫疫苗病毒的干扰作用，使鸡新城疫疫苗的免疫效果受到影响。
疫苗接种时操作不当
例如，饮水免疫时用水量不足，水质不好，饮水器分布、饮水器卫生不符合标准；接种时计量不准确；注射的部位不当或针头太粗。
接种途径选择不当
每一种疫苗均有其最佳的接种途径，如随便改变可能会影响免疫效果。如新城疫Ⅰ系疫苗以肌肉注射为好，传染性法氏囊病冻干疫苗以滴口和饮水为好，鸡痘疫苗以翅膀下刺种为好，马立克氏病疫苗以颈部皮下注射为好，病毒性关节炎弱毒苗以肌肉注射为好；所有的油乳剂灭活苗以颈部皮下注射为好，其次是胸部肌肉注射，一般不采用腿部肌肉注射，因为腿部肌肉容纳疫苗的体积小，不易吸收，而且影响鸡只活动和采食，不利于鸡的正常生产活动。如当鸡新城疫Ⅰ系疫苗用饮水免疫、传染性支气管炎疫苗用饮水或肌注免疫时，效果都较差。
